Die meisten Montessori Kinderhäuser können sowohl von nicht-behinderten als auch von behinderten Kindern besucht werden. Dies fördert nicht nur Toleranz und soziales Zusammenleben, sondern auch das Verständnis der Kinder untereinander, die von den zuständigen Erziehern alle als Kinder mit individuellen Bedürfnissen betrachtet werden, wobei gehandicapte Kinder nicht als behindert, sondern als Kinder mit besonderen Bedürfnissen bezeichnet und behandelt werden.
Sowohl bei der Arbeit mit Kindern mit besonderen Bedürfnissen, die beispielsweise in der Förderung bestimmter Schwächen oder Störungen bestehen, als auch bei gesunden Kindern wird Therapiematerial eingesetzt, das auf die individuellen Bedürfnisse zugeschnitten ist. Vor allem das Sprachmaterial, das nach Montessori Prinzipien entwickelt wurde, eignet sich hervorragend für therapeutische Maßnahmen bei Kindern, die an Legasthenie oder anderen sprachlichen Entwicklungsstörungen oder –verzögerungen leiden. Dank der einfachen und klar strukturierten Materialien sind die Kinder auch bei der längeren oder intensiveren Beschäftigung weniger schnell überfordert. Das mathematische Material wird häufig als Therapiematerial bei Kindern mit Rechenschwächen eingesetzt und dient der erlebbaren Veranschaulichung der abstrakten Zahlenbegriffe und Rechenoperationen.
Für Kinder, die unter Konzentrationsstörungen oder –schwächen leiden, wird das so genannte Nikitin-Material als Therapiematerial eingesetzt. Es zielt darauf ab, die Aufmerksamkeit zu wecken und vor allem über längere Zeit aufrecht zu erhalten und die Konzentrationsfähigkeit zu verbessern. Auch logisches Denken und Kombinationsvermögen wird mit diesem Material geschult.